Fragment #subdirectory сообщает pip путь к Python-проекту, если pyproject.toml лежит не в корне VCS-репозитория. Resolver находит подпапку.

Используйте Direct URL

Запишите имя distribution перед ссылкой и путь внутри fragment, чтобы pip знал проект до clone и корректно обработал extras или editable-режим.

python -m pip install "sample @ git+https://git.example/repo.git@COMMIT#subdirectory=packages/sample"

Фиксируйте полный commit

Branch и tag способны переместиться, а полный hash дает повторяемую ревизию и уменьшает число сетевых запросов, которые Git выполняет для поиска сокращенного идентификатора на удаленном сервере проекта при каждой чистой установке.

Проверяйте контекст сборки

Backend запускается из выбранного проекта, но его конфигурация может ссылаться на соседние файлы монорепозитория, поэтому испытайте установку из чистого clone.

После изменения структуры репозитория обновите ссылку и тест установки одновременно, иначе старый subdirectory оборвет развертывание еще до разрешения зависимостей.

Основы дает установка пакета из Git. Fragment описан в справочнике VCS Support.