Аргумент pip freeze -r использует порядок указанного requirements-файла и его комментарии. Остальные пакеты добавляются после него.

Обновите читаемый снимок

Режим помогает сохранить ручные разделы и пояснения, одновременно подставляя версии пакетов, которые действительно установлены в текущем окружении для проверки.

python -m pip freeze -r requirements.in

Не считайте это компиляцией файла

Команда не решает зависимости с нуля и способна включить случайные транзитивные пакеты, оставшиеся после эксперимента, поэтому результат требует проверки в чистом venv на отдельном runner без общего кэша окружения.

Следите за отсутствующими строками

Если требование из исходного файла не установлено, диагностируйте окружение и код возврата отдельно, не полагаясь на визуально знакомую структуру обновленного текста.

Сравнивайте полученный файл в review и пересобирайте окружение с нуля, чтобы комментарии не создавали ложное ощущение контролируемого набора зависимостей.

Включения файлов разбирает статья про requirements с -r и -c. Режим описывает документация pip freeze.