pip читает параметры из глобального, пользовательского и привязанного к окружению конфигурационных файлов, а затем учитывает переменные среды и командную строку. Побеждает более поздний источник. Угадывать путь не нужно.

Покажите все источники

Команда debug перечисляет найденные файлы и значения, поэтому быстро обнаруживает старый index-url, прокси или timeout, оставшийся после другого проекта.

python -m pip config debug
python -m pip config list

Выберите правильный уровень

Флаг –user меняет настройки текущего пользователя, –global относится к системе, а –site записывает параметры для активного виртуального окружения и меньше всего затрагивает соседние проекты.

python -m pip config --site set global.timeout 60

Проверьте приоритет

Параметр командной строки перекрывает переменную PIP_*, та перекрывает файл, а внутри конфигурации секция конкретной команды имеет преимущество перед общей секцией global.

После правки снова запустите debug внутри того же venv: в выводе должен остаться один ожидаемый источник значения, которое вы только что меняли.

Перед изменением адреса репозитория прочитайте про index-url и extra-index-url. Полный порядок описан в документации pip.