Команда pip config debug перечисляет конфигурационные файлы и найденные в них значения. Источник настройки становится виден.

Начните с того же интерпретатора

Запускайте команду через python -m pip внутри проблемного venv, чтобы пути относились к реальной среде, а не к соседней системной установке.

python -m pip config debug

Сравните уровни файлов

В выводе проверяйте global, user и site, затем ищите одинаковый ключ на нескольких уровнях, поскольку более поздний файл способен перекрыть значение без изменения исходного файла в общей конфигурации команды.

Отделите файл от переменной

Debug помогает с файлами, но итоговое поведение также меняют переменные окружения и аргументы команды, которые обладают более высоким приоритетом.

Сохраняйте debug-вывод в журнале проблемной job без секретных значений, чтобы сравнение двух runner опиралось на фактические пути, а не догадки.

Порядок загрузки разбирает конфигурация pip. Подкоманду описывает справочник pip config.